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Rubicon Genomics ThruPLEX Plasma-seq NGS

產品規格

品牌                                   貨號                            名稱                                                            代理商

Rubicon Genomics   R400490   ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit 12Rxns    紅榮微再生物工程技術

Rubicon Genomics   R400491   ThruPLEX Plasma-seq 48S Kit 48Rxns   紅榮微再生物工程技術

Rubicon Genomics   R400492   ThruPLEX Plasma-seq 96D Kit 96Rxns   紅榮微再生物工程技術

ThruPLEX® Plasma-seq基于ThruPLEX技術，并用于血漿來源cfDNA高品質NGS文庫構建。

該試劑專門針對cfDNA進行優化，在保持樣本GC代表性的基礎上，提升了文庫的信息容量。文庫構建后可用于CNV分析、全基因組測序分析或是采用一些panel針對目標區域進行捕獲富集后的DNA分析,如Agilent SureSelect® and Roche NimbleGen SeqCap® EZ。

血漿樣品采用ThruPLEX Plasma-seq試劑盒制備文庫，能有更好的靈敏度、更準確的基因變異分析結果。與其它液態活檢的樣品一樣，血漿由于其易獲得、價值高的特點，深受研究腫瘤學或者孕婦血漿中胎兒游離DNA科研工作者的重視。Rubicon RB4490/R400490 ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit 血漿游離DNA測序試劑盒應用于：胎兒染色體非整倍體檢測試劑盒、無創產前基因檢測、腫瘤無創檢測、cfDNA血漿游離DNA檢測 、靶向基因檢測試劑。

高品質血漿來源cell free DNA NGS文庫構建試劑

ThruPLEX® Plasma-seq Kit

· 專為cfDNA設計：經過優化的修復及連接試劑

· 高品質NGS文庫：在寬廣的GC含量范圍內，可以達到高檢測再現性

· 起始量范圍廣：＜1 ng到30 ng cfDNA量

· 快速簡便：無需純化或樣品轉移的單管、2小時、3步操作步驟

· 應用領域：液態活檢、ctDNA、目標區域測序等領域文庫構建

· 兼容自動化平臺：Beckman® FXP Workstation

產品組成

· Template Preparation Buffer（Red）模板準備緩沖液（紅色）

· Template Preparation Enzyme（Red）模板準備酶（紅色）

· Library Synthesis Buffer（Yellow）文庫合成緩沖液（黃色）

· Library Synthesis Enzyme（Yellow）文庫合成酶（黃色）

· Library Amplification Buffer（Green）文庫擴增緩沖液（綠色）

· Library Amplification Enzyme（Green）文庫擴增酶（綠色）

· Nuclease-Free Water（Clear）無核酸酶水

· Indexing Reagent（Blue）or Indexing Plate索引試劑（藍色）

· Quick Protocol（N/A）使用方法

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Rubicon Genomics ThruPLEX Plasma-seq NGS

圖1. ThruPLEX® 技術概要。ThruPLEX Plasma-seq Kit技術3步反應即可完成針對cell free DNA的建庫工作。1~30 ng含量的cf DNA首先高效的進行末端修復。通過采用莖環形接頭（無單鏈尾巴）進行高效平端連接，降低了背景。封閉的5’端阻止了接頭-接頭二聚體形成。隨后未使用的接頭被降解，進一步降低背景。高保真度擴增的方式完成以上反應，并獲得含有illumina index的文庫。

（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）

圖2. 高cfDNA文庫多樣性、更少的Unmapped Reads。ThruPLEX Plasma-seq Kit構建的文庫，具有高的多樣性和低的duplicates和unmapped reads。圖中表示cfDNA分別提取于3份血漿樣品，文庫定量采用Qubit熒光定量。Bioanalyzer測定mononucleosomal DNA在各樣品的量分別為0.09 ng、0.62 ng、15.44 ng。Pooled libraries采用illumina NextSeq 500 paired end模式測序，且每個文庫產生17 M到25 M reads。每個文庫在down-sampling數據至17 M reads以后，計算Duplication rates。

（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）

圖3. 優異的靶向測序文庫構建能力。圖中所示ThruPLEX Plasma-seq Kit構建的文庫通過panel進行高效捕獲，對kinome進行深度測序分析以檢測突變。3個血漿樣品分別起始建庫量為5 ng、6.5 ng、10 ng，三次重復。目標區域采用SureSelectXT2的ClearSeq Human DNA Kinome Panel進行捕獲，并用Illumina Miseq平臺進行測序，平均每個文庫獲得5 M reads，目標堿基被成功捕獲分析。

（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）

圖4. 高重復性的、無偏倚的GC覆蓋度。針對人類基因組，ThruPLEX Plasma-seq Kit表現出高再現性、低偏倚GC覆蓋度NGS文庫構建能力。9次獨立的血漿樣品文庫構建的實驗結果表明，ThruPLEX重復性高于其它產品。文庫的制備是利用的1 mL血漿來源cfDNA，后續采用illumina NextSeq 500進行測序。作為對比，A公司試劑構建了4份獨立血漿樣品的文庫。

（*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.）

圖5. Karolinska協會和CRUK測試的結果。5 ng游離cf DNA采用ThruPLEX Plasma seq Kit進行illumina文庫構建。結果表明利用Hiseq平臺進行的Low-pass WGS,每個文庫能獲得接近12.5 M reads。 

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